Benchmarking High Performance Architectures With Natural Language Processing Algorithms

Natural Language Processing algorithms are resource demanding, especially when tuning toinflective language like Polish is needed. The paper presents time and memory requirementsof part of speech tagging and clustering algorithms applied to two corpora of the Polishlanguage. The algorithms are benchmarked on three high performance platforms of differentarchitectures. Additionally sequential versions and OpenMP implementations of clusteringalgorithms were compared

Comparison of Latent Semantic Analysis and Probabilistic Latent Semantic Analysis for Documents Clustering

In this paper we compare usefulness of statistical techniques of dimensionality reduction for improving clustering of documents in Polish. We start with partitional and agglomerative algorithms applied to Vector Space Model. Then we investigate two transformations: Latent Semantic Analysis and Probabilistic Latent Semantic Analysis. The obtained results showed advantage of Latent Semantic Analysis technique over probabilistic model. We also analyse time and memory consumption aspects of these transformations and present runtime details for IBM BladeCenter HS21 machine

A Case Study of Algorithms for Morphosyntactic Tagging of Polish Language

The paper presents an evaluation of several part-of-speech taggers, representing main tagging algorithms, applied to corpus of frequency dictionary of the contemporary Polish language. We report our results considering two tagging schemes: IPI PAN positional tagset and its simplified version. Tagging accuracy is calculated for different training sets and takes into account many subcategories (accuracy on known and unknown tokens, word segments, sentences etc.) The comparison of results with other inflecting and analytic languages is done. Performance aspects (time demands) of used tagging tools are also discussed

Increasing Quality of the Corpus of Frequency Dictionary of Contemporary Polish for Morphosyntactic Tagging of the Polish Language

The paper is devoted to the issue of correction of the erroneous and ambiguous corpus of Frequency Dictionary of Contemporary Polish (FDCP) and its application to morphosyntactic tagging of the Polish language. Several stages of corpus transformation are presented and baseline part-of-speech tagging algorithms are evaluated, too

Application of Weighted Voting Taggers to Languages Described with Large Tagsets

The paper presents baseline and complex part-of-speech taggers applied to the modified corpus of Frequency Dictionary of Contemporary Polish, annotated with a large tagset. First, the paper examines accuracy of 6 baseline part-of-speech taggers. The main part of the work presents simple weighted voting and complex voting taggers. Special attention is paid to lexical voting methods and issues of ties and fallbacks. TagPair and WPDV voting methods achieve the top accuracy among all considered methods. Error reduction 10.8 % with respect to the best baseline tagger for the large tagset is comparable with other author's results for small tagsets

Codzienna praktyka kliniczna w ostrych zespołach wieńcowych bez uniesienia odcinka ST w szpitalach rejonowych - rejestr w Małopolsce

Wstęp: Ostre zespoły wieńcowe bez uniesień odcinka ST (NSTE ACS) rozpoznaje się u ponad połowy pacjentów przyjmowanych do szpitali z powodu ostrego zespołu wieńcowego (ACS). Ze względu na całodobową dostępność pracowni hemodynamicznych w Małopolsce każdy pacjent z NSTE ACS wysokiego ryzyka przyjęty do szpitala rejonowego może zostać przetransportowany do ośrodka kardiologii interwencyjnej. Celem badania była ocena częstości kierowania pacjentów z rozpoznaniem NSTE ACS na badanie diagnostyczne tętnic wieńcowych do ośrodków kardiologii interwencyjnej oraz charakterystyka demograficzna i zastosowana farmakoterapia w tej grupie. Materiał i metody: Korzystając z ankiet, zebrano dane dotyczące 2382 kolejnych pacjentów z rozpoznaniem ACS, przyjętych do szpitali rejonowych w Małopolsce w okresie od kwietnia 2002 do lutego 2003 r. U 1396 chorych potwierdzono ostatecznie przy wypisie rozpoznanie ostrego zespołu wieńcowego bez uniesienia odcinka ST. Wyniki: U 42% (n = 582) chorych z końcowym rozpoznaniem NSTE ACS stwierdzono podwyższone stężenie markerów martwicy mięśnia sercowego, takich jak troponina T/I lub CK-MB (CM+), natomiast u 58% (n = 814) pacjentów nie odnotowano podwyższonego stężenia markerów (CM-). W grupie CM+ zaobserwowano większą śmiertelność wewnątrzszpitalną niż w grupie CM- (3,3% vs. 0,4%; p = 0,0002). Tylko 17,7% pacjentów z całej grupy CM+ skierowano w trakcie hospitalizacji do ośrodka kardiologii interwencyjnej w celu wykonania koronarografii i ewentualnego leczenia inwazyjnego. Wraz ze wzrostem ryzyka określanego w skali TIMI Risk Score zwiększał się odsetek osób kierowanych do pracowni hemodynamiki (TIMI Risk Score 0-2 pkt: 14%; 3-4 pkt: 15%; 5-7 pkt: 22%; p = 0,02 dla 3-4 vs. 5-7 oraz p = 0,01 dla 0&#8211;2 vs. 5&#8211;7). Jednocześnie obserwowano wzrost śmiertelności wewnątrzszpitalnej w grupie pacjentów nieskierowanych na leczenie inwazyjne 0,8% vs. 1,9% vs. 3,5% (p = 0,02 dla 0-2 vs. 5-7) odpowiednio dla grup z ryzykiem wynoszącym w skali TIMI Risk Score 0-2 vs. 3-4 vs. 5-7. Pacjenci kierowani na leczenie inwazyjne znamiennie częściej otrzymywali tienopirydyny (68,3% vs. 44,5%; p < 0,0001), blokery receptora IIb/IIIa (1,5% vs. 0,3%; p = 0,04), heparyny (92,7% vs. 85%; p = 0,003) oraz ß-blokery (88,3% vs. 78,8%; p = 0,002). Wnioski: Pomimo 24-godzinnego dostępu do pracowni hemodynamiki tylko niewielki odsetek pacjentów z NSTE ACS jest kierowanych ze szpitali rejonowych. U pacjentów z grup wysokiego ryzyka według klasyfikacji TIMI (TIMI Risk Score 5&#8211;7 pkt, w tym z podwyższonymi stężeniami markerów martwicy mięśnia sercowego), niekierowanych na leczenie inwazyjne, pomimo stosowanej terapii farmakologicznej rokowanie nadal jest złe. (Folia Cardiol. 2005; 12: 21&#8211;31

Selectivity of major isoquinoline alkaloids from Chelidonium majus towards telomeric G-quadruplex: A study using a transition-FRET (t-FRET) assay

Background Natural bioproducts are invaluable resources in drug discovery. Isoquinoline alkaloids of Chelidonium majus constitute a structurally diverse family of natural products that are of great interest, one of them being their selectivity for human telomeric G-quadruplex structure and telomerase inhibition. Methods The study focuses on the mechanism of telomerase inhibition by stabilization of telomeric G-quadruplex structures by berberine, chelerythrine, chelidonine, sanguinarine and papaverine. Telomerase activity and mRNA levels of hTERT were estimated using quantitative telomere repeat amplification protocol (q-TRAP) and qPCR, in MCF-7 cells treated with different groups of alkaloids. The selectivity of the main isoquinoline alkaloids of Chelidonium majus towards telomeric G-quadruplex forming sequences were explored using a sensitive modified thermal FRET-melting measurement in the presence of the complementary oligonucleotide CT22. We assessed and monitored G-quadruplex topologies using circular dichroism (CD) methods, and compared spectra to previously well-characterized motifs, either alone or in the presence of the alkaloids. Molecular modeling was performed to rationalize ligand binding to the G-quadruplex structure. Results The results highlight strong inhibitory effects of chelerythrine, sanguinarine and berberine on telomerase activity, most likely through substrate sequestration. These isoquinoline alkaloids interacted strongly with telomeric sequence G-quadruplex. In comparison, chelidonine and papaverine had no significant interaction with the telomeric quadruplex, while they strongly inhibited telomerase at transcription level of hTERT. Altogether, all of the studied alkaloids showed various levels and mechanisms of telomerase inhibition. Conclusions We report on a comparative study of anti-telomerase activity of the isoquinoline alkaloids of Chelidonium majus. Chelerythrine was most effective in inhibiting telomerase activity by substrate sequesteration through G-quadruplex stabilization. General significance Understanding structural and molecular mechanisms of anti-cancer agents can help in developing new and more potent drugs with fewer side effects. Isoquinolines are the most biologically active agents from Chelidonium majus, which have shown to be telomeric G-quadruplex stabilizers and potent telomerase inhibitors

Trends in Modern Exception Handling

Exception handling is nowadays a necessary component of error proof information systems. The paper presents overview of techniques and models of exception handling, problems connected with them and potential solutions. The aspects of implementation of propagation mechanisms and exception handling, their effect on semantics and general program efficiency are also taken into account. Presented mechanisms were adopted to modern programming languages. Considering design area, formal methods and formal verification of program properties we can notice exception handling mechanisms are weakly present what makes a field for future research

Benchmarking high performance architectures with natural language processing algorithms Benchmarking architektur wysokiej wydajności algorytmami przetwarzania języka naturalnego/

Tyt. z nagłówka.Bibliogr. s. 30-31.Algorytmy przetwarzania języka naturalnego mają duże zapotrzebowanie na zasoby komputerowe, szczególnie gdy wymagane jest dostosowanie algorytmu do języka fleksyjnego jakim jest np. język polski. Artykuł przedstawia wymagania czasowe i pamięciowe algorytmów tagowania częściami mowy oraz algorytmów klasteryzacji zastosowanych do dwóch korpusów języka polskiego. Dokonano benchmarkingu algorytmów na trzech platformach wysokiej wydajności reprezentujących różne architektury. Dodatkowo porównano wersję sekwencyjną oraz implementacje OpenMP algorytmów klasteryzacji.Natural Language Processing algorithms are resource demanding, especially when tuning to inflective language like Polish is needed. The paper presents time and memory requirements of part of speech tagging and clustering algorithms applied to two corpora of the Polish language. The algorithms are benchmarked on three high performance platforms of different architectures. Additionally sequential versions and OpenMP implementations of clustering algorithms were compared.Dostępny również w formie drukowanej.SŁOWA KLUCZOWE: benchmarking, tagowanie częściami mowy, klasteryzacja dokumentów, przetwarzanie języka naturalnego. KEYWORDS: benchmarking, part-of-speech tagging, document clustering, natural language processing, high performance architectures